Adrien Renaud
1, @, Marie Silvestre
1, @, Vincent Thieu
1, @
1 : Milieux Environnementaux, Transferts et Interactions dans les hydrosystèmes et les Sols Ecole Pratique des Hautes Etudes, Institut National des Sciences de l'Univers, Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique
Le partage des codes de modélisation dans une perspective de sciences ouvertes autour de communautés à la fois d'utilisateurs et de développeurs apporte certaines contraintes qui doivent être prévues dès l'implémentation du code et le choix de l'architecture technique. Trois problématiques essentielles participent à ces verrous : la modularité, la reproductibilité et le changement d'échelle. C'est dans ce cadre que la plateforme de modélisation biogéochimique des cours d'eau pyNuts-Riverstrahler a été développée. Elle repose sur deux modèles couplés: le premier est le modèle de biogéochimie aquatique RIVE, qui permet de simuler l'interaction au sein d'une colonne d'eau entre la dynamique des populations de micro-organismes et les nutriments. Le second est le modèle de routage hydrologique RIVERSTRAHLER qui permet d'appliquer le modèle RIVE à l'ensemble d'un réseau hydrographique. Le changement d'échelle signifie pouvoir travailler sur des domaines d'extension et de discrétisation adaptables et permettre à partir d'une même source de données de pouvoir exécuter des simulations à des échelles spatiales et temporelles différentes. La reproductibilité correspond à la capacité de retracer l'ensemble des traitements et les données d'entrée associées en vue de reproduire fidèlement une expérience de modélisation et les simulations produites. La modularité est le cloisonnement des différentes fonctionnalités du code permettant des contributions de développement différenciées sur certaines d'entre elles ainsi que leur exécution ciblée. L'objectif de ce poster est donc de présenter l'architecture (association codes/données) qui a été choisie pour répondre à ces contraintes: 1. Intégration au sein de la plateforme au travers de sous-modules python des méthodes de traitement des données brutes, et mise en commun de ces dernières sous forme de catalogue avec métadonnées et versionnage. 2. Création d'une structure de base de données relationnelles postgreSQL géoréférencée (extension PostGIS) pour persister toutes les données propres à chaque projet de simulation. Sont incluses celles nécessaires à son exécution : configuration de la simulation, sous-modules et méthodes de traitement utilisés ; celles qui sont produites : discrétisation (spatiale et temporelle), données d'entrées traitées (mises aux échelles spatiale et temporelle de simulation), résultats. 3. Intégration au sein de la plateforme d'une application web (python, dash, dash-leaflet) permettant de visualiser spatialement (données géoréférencées) les résultats de simulation depuis la BDDr. 4. Mise à disposition d'une structure de base de données relationnelle postgreSQL géoréférencée pour stocker les données d'observation issues des bases de données nationales de référence, ou toute autre base produite par la recherche, et qui s'interface avec l'outil de visualisation pour de la comparaison simulation/observation à la volée (accrochage au réseau, filtrage, croisement).
Type :
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Poster
Thématiques
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Science Ouverte, recherche reproductible et éco-systèmes numériques
